《东京食尸鬼第三季》混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。对“喰种”进行驱逐、研究的CCG，为了达成某个命题，而新设了实验体集团。 ——其名为“Quinx”。并非“正经人类”的他们，与佐佐木琲世一等搜查官一起在“东京”面对的事物究竟是——！？
故事讲述突如其来的未知生命体“Gadoll”，使人类长年陷入灭亡的危机，生存下来的人们为了保护自己，建造了高度3,000M 的巨大移动要塞“DECA-DENCE”。 DECA-DENCE的居民分为日夜与 Gadoll 战斗的战士“Gear”，以及没有战斗能力的“Tanker”。憧憬并梦想成为战士的少女・夏目，冷淡的装甲修理人・镝木，不放弃希望、努力向前的少女与舍弃梦想的现实主义男人，看似极端相反的两人，因他们的相遇而让世界的未来有了巨大改变。
人类和机械生命体决战后过了1000年，地球逐渐从颓废中恢复了过来，但是兵强马壮的巴西帝国又发动了征服世界的战争。 少女伊可儿偶然遇到了1000年前大战中幸存的机动兵器“夏安”，一人一机开始了冒险之旅……
