2015年，涩谷。在从6年前发生的大灾害“涩谷地震”当中复兴的城市所新设的私立高中“碧朋学园”就读的少年宫代拓留，追寻着作为自身设立的新闻部活动一环的、被称作“新时代疯狂的再来”的连续杀人事件……
公园的滑梯前，传来了儿童略显孤独诡异的童谣，阴森可怖的《暗芝居》再度上演。 进入空无一人浴池内洗澡的青年，遭遇隔壁浴室不断借各种物件的女人；两个迷路的人夜晚开车，在藏着可怕生物的隧道内抛锚；情侣搬到便宜的公寓，这里却有讨厌的老鼠；某病人半夜惊醒，他发现医院内有一处格外热闹的病房；诡异的标本博物馆，有着另人意想不到的藏品；热闹的庙会上，两个女孩不小心进入一个诡异的庙会现场；三个集训的男孩挑灯夜聊，其中一人讲起了他最近的噩梦；年轻人潜入鬼宅探险，见到了苍白的女儿节玩偶；一所中学内，流传着会把人捏碎的握手大叔的传说。 恐怖的故事接二连三，请一定坐稳，不要走开……
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
こんな未来があったらいいな、と思わず言いたくなるような近い将来のとある港町――萌桜町。 町の顔ともいえる電子機器メーカーの大手ＡＭＢカンパニーが、動物によるアニマルセラピーならぬ 美少女アンドロイドによる萌えセラピー効果を狙いとした新サービス、『萌えＣａｎちぇんじ！』をスタートすることが発表され、 おおいにわき返る町の一角でその広報を担当する、通称「ナビ嬢」に選ばれた喜屋武知恵と萌木杏奈は今日もリハーサルに励んでいた ――といってもノリノリなのは知恵だけだったが。そんな二人の仲睦まじい（？）様子を物陰から伺う人影が。 不思議な力を発揮するスマートフォンや食べたらびっくりのケーキ屋さんに迷いこんじゃったりと、 二人のまわりでは次々とトラブルが巻き起こっていく。裏で暗躍する（？）謎の二人組もいて…… 人気携帯ゲーム『萌えＣａｎちぇんじ！』の世界観を、キャラクターたちのひと騒動を通して描くフレアイパワフルコメディＯＶＡ。 ──世界は萌えで変革する──
