户外实践归来后，萤草老师暂时隐退养伤，而SSR班却迎来了新的难题--升星考试!面对这位“严格的”校长助理白藏主，同学们将面临全体留级的巨大危机!而另一边，酒吞和茨木却震惊的发现:一向相亲相爱的SSR班中，竟然还混入了神秘的身份--风纪委员。面对内外双重危机的SSR班同学们，即将迎来如同狂风骤雨般的新一轮挑战!
在某个时间点的日本，突然出现了文学书全部被染黑的怪异现象。 这是由书中带着负面情绪诞生的“侵蚀者”所导致的灾难。 被侵蚀的文学书，会逐渐地从人们记忆中消失，最后变得像是从一开始便不曾存在过一样。 于是，有特殊能力的“炼金术师”作为特务司书被派遣至图书馆， 为了对抗破坏书 中世界的“侵蚀者”、为了守护文学，与转世的文豪们一起战斗。
精灵——是一种化身为纯洁无暇的少女形态的异世界生物。但是，与惹人怜爱的外表不同的是，她们还是拥有强大力量的可怕存在。要想让她们失去战斗力，只有两个办法。一是使用武力歼灭她们，二是——和她们约会，让她们春心荡漾。就读于来禅高中的普通高中生五河士道，自从邂逅了精灵“十香”后就掌握了“封印精灵力量”的方法。精灵们虽然拥有强大战斗力，但是却被别人厌恶、惧怕。她们一直孤独地战斗在死亡的世界中。全世界唯一有能力封印精灵的士道为了拯救她们，带着赴死之心与美丽的精灵们的进行战斗（约会）——想要歼灭精灵的人，想要拯救精灵的人，心怀憎恨的人，想要利用她们的人。在各种各样的目的交错中，真正威胁世界的人从黑暗深处现身了。士道终于知道了自己真正的身份，急速发展的故事就这样即将走向结局。
再び大海原に飛び出した 千空達の旅路をお楽しみに‼
TVアニメ『青の祓魔師 島根啓明結社篇』の続編を描く、『青の祓魔師 雪ノ果（ゆきのはて）篇』2024年10月放送決定！
