沧南危机解决后，林七夜完成津南山为期一年的守夜人集训考核，成为了正式的守夜人后，重回136小队，与伙伴再度开启一场与古神教会的崭新较量……新的西方邪神亮相，人类天花板齐聚沧南，一场巨大的灾难风暴正悄然酝酿成型。
菜月昴（小林裕介 配音）是一位平凡的十七岁高中男生，某日，离开便利店准备回家的他突然被召唤到了异世界。人生地不熟的菜月昂很快就遇到了麻烦，在此危急时刻，名为爱蜜莉雅（高桥李依 配音）的神秘少女带着灵猫帕克（内山夕实 配音）出现在了菜月昂的面前，成为了他的救星，为了报答少 女的恩情...
在这个世界中，存在着一种“中间人”，他们可以吸收自杀者的生命粒子，并利用这些生命粒子延续濒死之人的生命。“中间人”叶晰的搭档尚敏突然失踪，在寻找尚敏的过程中，他发现了自己所处的组织的一些不为人知的黑暗。而这些，都和一个名为“克洛托”的计划有关……
上古时期妖兽纵横，一位神秘道人分别授予了阴阳五行的特殊能力给金木水火土五个家族来抵抗妖兽。他们将妖兽驱赶到神隐雾山之中，设立结界。雾山之中另有强大灵力的麒麟兽常常吸引来那些想要提升妖力突破结界的妖兽们，因此自愿被封印于巨阙神盾之中。火行使者闻人翊悬为救其母私自打开了巨阙神盾，小麒麟趁机偷溜出来，妖兽界将掀起一股腥风血雨……
片濑高中的新生“阿扁”星野裕（片山福十郎 配音）和“笑爷”月本诚（内山昂辉 配音）是同出自一个乒乓球道场的朋友。阿扁个性张扬，爱说爱笑，由于对球技信心十足，因此根本不把乒乓球部的同期和前辈放在眼里。与之相对，笑爷内敛冷静，对于取胜这件事似乎根本没有半点强烈的欲望，潜意识中他更希望像机器人一般不被人注意到。为了迎接即将到来的高中联赛，乒乓球部顾问小泉老师（屋良有作 配音）选定月本进行操练。与此同时，附近的辻堂学院高中转来了被踢出国家队的中国选手孔文革（文晔星 饰），此人恃才傲物，完全不把技术底下的日本选手放在眼里。另一方面，高手云集的海王学院高中也蓄势待发，备战接下来的大赛。方寸球桌，战况激烈…… 本片根据松本大洋的同名原作改编。
小学时期，游泳部的四名成员在毕业前的游泳比赛中夺冠，之后他们毕业的毕业，出国的出国，四人分道扬镳。时过境迁，就读岩鸢高中的七濑遥（岛崎信长 配音）和好朋友橘真琴（铃木达央 配音）升上高二，他们与昔日的游泳部成员之一叶月渚（代永翼 配音）重逢。三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。 遥、真琴和渚决定成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅 配音），他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定，要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。
