一个善良的老爷爷种了一棵葫芦树，在他的悉心照顾下，葫芦藤很快结出了七颗大葫芦。葫芦们都很有灵性，老爷爷来了他们争先恐后的叫爷爷，老爷爷十分开心。然而一天，山里的蛇精将老爷爷捉走了，葫芦们看着十分着急，却也无能为力。随后，葫芦们一个个开始成熟了，一天，最大的那个葫芦掉在地上，一个葫芦娃从里面蹦了出来。他向兄弟们挥挥手，决定单枪匹马闯蛇洞去救出爷爷。他能成功吗？
位于东京西部的巨大“学园都市”。 在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。 在这样的学园都市君临能力者顶点的最强能力者·一方通行。他在仅有7人的“超能力者”当中也以远超其他人的能力位居第一，也因为这种力量而过着充满杀伐的日常。不断重复、脱离常轨的“实验”，以及在追求绝对力量的最后品尝到的败北。在那之后，随着与一位少女——最后之作的相遇，他的命运产生了巨大变化。 最强而最凶的“恶”——一方通行， 扫平学园都市的“黑暗”!!
