历经百年的时光，将人类与外侧世界隔开的墙壁。据说那堵墙的另一边是一个从未见过的世界。火焰之水、冰之大地、砂之雪原……记载在书中的，尽是些激发少年探究心的文字。时间流转，现在墙壁被巨人毁坏，人类正一步步接近世界的真相。巨人的真实身份是什么？为何墙壁中会埋着巨人？巨人化的艾伦·耶格尔所持有的“坐标”之力是？以及，希丝特莉亚·雷斯究竟知道这个世界的什么事情？在艾伦等104期兵的加入下，新体制的利威尔班建成了。开始行动后，阻拦在他们面前的，是最强最恶的敌人。
由绝望中转生的最强贤者，到400年后的世界一展外挂威能！大贤者艾福达尔从现代转生至异世界后，将人生的一切都花费在研究魔导上。当他了解到自己才能的极限，到达绝望与后悔的尽头后－－划下了生命句点。在那之后过了400年……艾福达尔成功地第二次转生，不仅保有前世的魔术知识与力量转世重生，更再度以登上魔导巅峰为目标。然而新世界的魔法文明已衰退，他的魔法竟然变成了奇迹般的神乎其技－－贤者从绝望中转生的犯规级学院奇幻故事，在此揭开序幕！
某所中学，总是被邻座的女生高木同学捉弄的男生西片。他为了对此反击而用尽计策，却总是被高木同学看透。季节轮回，升入2年级的西片，这一次他是否能够顺利反击高木同学呢…？ 「令人心动的微笑」必至，先害羞就输了的“捉弄大战”第2轮比赛终于开幕！
小建筑师巴布和可爱的组员Dizzy、Lofty、Muck、Roley、Scoop，加上稻草人Spud、猫咪Pilchard及好友Wendy可说是城市中不可或缺的重要人物喔！他们除了修修马路外，要负责维修受损的东西，当然少不了盖新大楼等大工程。为了让剌猬们安全过马路，小小建筑师们专程替刺猬盖了新的地下道；巴布还会修理热水管，爱耍宝的他却把水管拿来当喇叭吹，吵得大家不得安宁；举凡城市中发生的芝麻小事，交给巴布准没错，可是生性迷糊的他，一天到晚闹笑话让大家哭笑不得！
八坂一（三瓶由布子 配音）是一位热爱科学的平凡少年，他坚信世界上的一切都可以用科学解释。然而，某一日，八坂一邂逅了名为岚山小夜子（白石凉子 配音）的神秘少女，她的出现以及随后而来的不思议事件颠覆了八坂一的全部世界观。 两人的相遇令他们获得了穿越回过去的特殊能力，与此同时，女扮男装的上贺茂润（小见川千明 配音）、同样拥有穿越时空的能力的德国少女可雅（名冢佳织 配音）、一直追随着小夜子的墨镜男村田英雄（安元洋贵 配音）、痴情而又倔强的山崎加奈子（堀江由衣 配音）以及身世神秘的少女伏见弥生（野中蓝 配音），这些角色接二连三的出现在八坂一的身边。
同盟大军攻入神域结晶山，直面苏醒的神族之主“天”，各族善战的勇士轮番与天交手。在“天”强大的压迫感下，逆天而行回忆起先辈无数次失败的反抗战争，以及永恒之夜曾预言，他这次与神族交战的结果不再是必败，而是难料，因为这一次，同盟军中有一位特别的“命运之子”，他就是武庚。
