ガイラー星的考察队遭遇事故而在地球迫降，迟迟等不到本星救援队的考察队内部终于发生了内乱，过激派ゲルドン夺权称帝，建立ガイラー帝国并准备利用超兵器空爆机器人侵略地球。主和派的ヤン博士为了阻止ゲルドン的野心，将新型空爆机器人“グロイザーX”托付给女儿リタ，并让她将ゲルドン帝王的野心告知地球人。リタ脱出后遇到了特技飞行员海坂譲，两人一同驾驶グロイザーX开始了战斗。
芙莉莲是一位千年精灵魔法使，曾与勇者辛美尔一同击败魔王。 在见证辛美尔寿终正寝后，她再次踏上理解人类心灵的旅程，与魔法使菲伦、战士休塔尔克结伴前往灵魂安眠之地奥伊伦。 这段旅途充满温馨日常与激烈战斗，每个瞬间都在三人之间筑起无可替代的羁绊。
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
