一处位于乡下的宁静村庄，发生家畜陆续诡异死亡的奇妙案件。为了解决这起案件，一位穿着一身显眼服装，名叫「隐神」的男子，被从东京找来到此地。就在调查途中，男子与一名居住村内，被旁人叫「泥田坊」，有着神秘气息的少年相遇。一则波澜万丈的怪物物语，就此揭开了序幕──
《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
为实行千年商定，七个食物小英雄携带食物世界的珍宝《女娲食谱》，跨越重洋到世界止境交还给女娲。并挫败海盗女王意图消灭世界的阴谋，终于将食谱交还到女娲手中，圆满完成任务。
椿的身影消失，取回平稳的日子后没过多久——突然，街上下起了不合季节的雪。 想到这一异常气象说不定与吸血鬼有关的真昼，也为了集合主人们，而对“色欲”的主人·有栖院御园说起此事。 但，他从御园那里得到了“由于现在自己无法行动，因此之后再会合”这种难得的含糊不清的回答。 随后，在由于之后没能与御园取得联络而感到担心的真昼等人面前，御园的哥哥御国出现了。 ——有栖院家一心隐藏的，有关“色欲”与“嫉妒”的过去。御园被封印的记忆，于今解明。
2022年，一场未来战争在少数人类幸存者和无穷无尽的机器大军之间激烈进行了数十年。1997年，被称为“天网”的人工智能获得了自我意识，并向人类开战。 一名被送往过去改变人类命运的士兵被夹在未来和过去之间。她来到1997年，任务是保护一位名叫马尔科姆·李的科学家。这位科学家致力于推出一种新的人工智能系统，以对抗“天网”即将对人类发出的攻击。马尔科姆一面应对其发明所涉及的复杂的道德问题，一面遭到来自未来的无情杀手的追杀，而这永远改变了他三个孩子的命运。
