面对庞大的魔神大军，为了回避全灭危机，勒库对伙伴们说出「这边交给我，你们先走吧！」，一个人殿后对抗敌人大军，就在他终于消灭敌人回到城镇时，却发现时间已经过了十年！？而自己却莫名其妙成了救世英雄！？勒库的新冒险旅程又将如何发展——
在全球怪物灾难爆发后，世界各国于1966年成立了地球防卫队（GGF），以应对来自地球内外的怪物和外星生命的袭击。 如今，人类对自然界的破坏和全球变暖现象日益严重。 一天晚上，宇宙甲壳怪物巴赞甲出现了。地球防卫队的清理行动遇到了困难，比留间弦人领导的特殊部队陷入了绝望的境地。 这时，一个神秘的巨人带着耀眼的光芒降临了。 这是一个身份不明的大型外星人，代号为“奥特曼”，几十年来在宇航员中一直有着他的传言。 后来，弦人被传唤到指挥中心，突然接到成为特殊怪兽对应分遣队（SKaRD）指挥官的任务。SKaRD是一支秘密组织的特殊怪物反应分队。他指挥的这支特殊部队，以驾驶巨型怪物形状的机器人阿斯加隆为主来对抗怪物灾难。 同时，他还奉命调查在巴赞甲之战中出现的奥特曼是否为必须消灭的敌人。 “我去解决"。 现在，在布莱泽奥特曼之光的笼罩下，弦人队长将与新组织的SKaRD的特殊成员一起，投入到与怪兽的新战斗中，他的心中深藏着坚实的勇气和坚定的正义!
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
