与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
公元2307年，地球的化石燃料枯竭了。经过将近半个世纪的建设后，建成了全长5万千米、以3条轨道升降机为中心的太阳能发电系统。为了建造出这个能制造半永久能量的巨大建筑物，世界形成了3个巨大的国家联盟：以美国为中心的“世界经济联盟”，通称UNION；以中国、俄罗斯、印度为中心的“人类革新联盟”；新欧洲共同体AEU。由于轨道升降机过于巨大，防卫变成了十分困难的任务。但各国军队依然为了自己的威信与繁荣进行着大规模的zero-sum game（任何一方都得不到好处的竞争）。这样的世界，要为其花上句号的组织出现了——拥有机动战士高达的“天人”私人武装组织。他们为了消除世界的纷争，展开了超越民族、国家、宗教的作战行动。高达驾驶员刹那•F•清英决心改变这个世界。
在席卷全世界的死斗链环傀儡结束后数日。 世界恢复和平，安稳的日常生活再度到来。 但是，令人惊愕的事态却发生在棹俊树面前。 从链环傀儡的侵略之下拯救了世界的英雄、先导爱知，忽然从这个世界上消失了。并且，人们也失去了有关爱知曾经存在的记忆…… 在几乎没有任何线索的情况下，棹将仅余的能够证明大家与爱知的牵绊的「狂风剑刃」与《光辉骑士团》卡组握在手中，出发前去探索爱知。 这般情况下，棹的面前出现了自称「四骑士（Quatre Knights）」的斗士们。盖亚尔、涅文、拉缇、瑟勒——这4人中不论哪一个都是世界顶尖水准的先导者斗士。 操控着不可思议的力量的他们，宣告要让棹放弃寻找爱知。 他们的目的究竟是……！？而他们和爱知又是什么关系……！？ 将全新的力量「双斗」纳入手中，夺回爱知的战斗，现在开始！
