女高中生铃木的个性开朗、交友甚广、擅长察言观色，是班上的中心人物之一，她喜欢的对象是坐在自己隔壁的男同学谷，而谷的个性与铃木恰恰相反，他内敛沉稳、有主见、待人一视同仁。铃木一直无法鼓起勇气告白，直到某日一个偶然机会，两人放学回家时走在同一条路上，并因此牵起了手。之后两人相互倾诉对彼此的好感，并开始交往，而同学们虽然感到讶异，但也都很支持两人的恋情。
主角大狼十三自小被组织捡养，并成为传说级杀手。某次任务中，他遭到神秘生物兵器刺中，竟意外变回中学生的模样，从此开始了国中生活……
作为动画3期的先行，以《摇曳百合：暑假时光+》为题的新作动画将分别于2015年8月和9月各放送1话，内容则是2014年11月上映的《摇曳百合：暑假时光》的后续
