天地是万物众生的客舍，光阴是古往今来的过客。苍天残面张开诡异之眼，所视之处生灵涂炭，化为永恒的禁区。末世之中，因果随行，死地后生。
藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。 《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？ AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
清水凑（上村祐翔 配音）曾经是一名水球运动员，但由于一场意外的发生，导致他在初中三年级的时候决定放弃水球这项深爱的运动，升上高中后，凑在阴差阳错之下结识了名叫冈荣太郎（西山宏太朗 配音）的男生。荣太郎是凑曾经的校友，因此十分了解凑身上所发生的那些悲惨的故事，亦十分向往能够和凑就读同一所高中。 城岛让（木村昴 配音）是水球社的社长，在他的苦心劝说之下，凑终于同意了加入水球社。曾经是游泳能手的网滨秀吾（齐藤壮马 配音）、个性十分容易冲动，大大咧咧的江尻武一（古川慎 配音）、温文尔雅性格平和的猪俣巴巴亚罗丰（畠中祐 配音），在学校里，凑很快就交上了朋友，也重新拾起了对于水球运动的热情。
故事发生在戈加海的海底，在这里，居住着人鱼公主爱丽儿，爱丽儿是管理这片海域的统治者，虽然看遍了蕴藏在海底的各种宝藏，但有一样东西是爱丽儿没有看过的，那就是友谊树的果实。传说中，友谊树每隔千年才会结出一颗果实，不仅如此，通往友谊树的道路充满了艰难险阻，平常人绝对不可能抵达，所以，至今都没有人真正见过友谊树的果实长什么样。 塞拉是一名普通的人类女孩，她的母亲身患重病，于是，她通过一面神秘的墨镜来到了海底王国，在这里，塞拉遇见了爱丽儿，还和寻找时光宝石的辛西娅成为了好朋友，一行人踏上了旅途，他们的目的地只有一个，那就是友谊树所在的地方。
