在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
17岁少女绀野真琴是一个活泼跳脱的少女。在一次普通值日工作中，真琴不小心摔倒了，自此她发现自己拥有了穿越时空的能力。她兴奋不已，掌握了穿越时空的方法后，她经常用这个方法去解决生活中许多令她困扰十分的事。 喜欢棒球的真琴与同班的两名男生千昭与功介有着共同爱好。一天，与她本是好朋友的千昭突然向她表达爱意，手足无措了她再次穿越时空希望可以躲避这件事的发生。但没想到，千昭会跟同学友梨在一起了，而友梨也是一直喜欢千昭的。此时，暗恋功介的果穗误以为真琴是功介的女友。 为了帮忙解决朋友的问题，真琴不断以同样的方法回到过去。她突然发现自己手臂上的数字原来是穿越时空的次数，次数变得越来越少，与此同时她也发现了千昭的秘密……
季节的更迭改由人类来担任，执行这项任务的人被称为「四季代行者」－－ 司掌春天的代行者‧花叶雏菊和护卫‧姬鹰樱，为了让睽违十年的春天显现于世，两人开始一同巡行「大和」之地…？ 担任让季节显现于世这项任务的现人神们，和他们的护卫之间心痛又美丽的「环绕春天」故事，在此揭幕。
