1614年，德川家康73岁，年迈的他必须在两个儿子之间为他的将军之位选一名继承人。难以决断的德川家康将决定的权利交给当时势均力敌的两大忍术宗家，它们分别是甲贺流和伊贺流。在前人服部半藏的调解下，曾经水火不容的两家签下了“不战条约”，但在权利和政治的挑拨之下，条约被撕毁了。 两家各派出十名忍者，他们要相互残杀直至仅剩一方幸存，而幸存方所支持的对象即可成为下一代将军。其中，甲贺流的头领甲贺玄之介（鸟海浩辅 配音）与伊贺流的头领胧（水树奈奈 配音）在战前曾经是两情相悦的恋人，与此同时，甲贺流与伊贺流的一些成员之间也有着复杂的感情纠葛。但是此时此刻，仿佛被丝线牵引的人偶，他们必须摒弃所有的感情，展开一场血腥残酷的厮杀。
"在某个世界泡中，武装人偶与死士的冲突从未间断过。伴随着二者之间的冲突不断升级，世界泡的稳定性正逐渐降低。为了拯救这个即将崩坏的世界，人类成立了专门用来管理与控制人偶的组织。为了掩盖黑暗的真相，人类特地给组织取了一个非常可爱的名字——「人偶学园」……——啊哈哈，开玩笑的，怎么可能是那样呢？"
作品的主人公美少女斋藤枫香（中学二年级），梦想是“成为哥哥（大学一年级）的新娘！”因其身高（180cm）和左眼被长发遮住的造型，而总会令人联想到传说中的独眼巨人（Cyclops），这样的她被大家昵称为“斋枫（さいぷ～）”。这部作品讲述的就是有着“斋枫”昵称的枫香和朋友们的日常生活的故事。
于2011年底至2012年初发售的两卷OVA，是《女皇之刃》过渡至《女皇之刃 叛乱》的故事。本卷附录于《女皇之刃Premium Visual Book》中，另一卷《圣女的烦闷～信仰之门、重开》则附录《女皇之刃 叛乱 Premium Visual Book》之中。 本卷于2011年10月发售，画册详细信息请见上文“其它相关书籍-其它画册”。本卷动画故事发生于《女皇之刃》以及新篇《女皇之刃 叛乱》之间的时间，本卷除了熟悉的角色艾琳外，第二代叛乱的主角安妮洛特也会登场，讲述她成为美斗士前的状态。
