故事发生在圣阿斯玛利亚女子学园中，在这里学习和生活的孩子们都是出生高贵的贵族子女。我们的主角是一个名叫牡丹（松㟢丽 配音）的可爱女孩，牡丹并不是含着金汤匙出生的千金大小姐，而只是一个非常普通又有些大大咧咧的可爱女孩。牡丹有一个好友名叫小忍（后藤麻衣 配音）两人之间的感情非常的要好，小忍的性格和牡丹恰恰相反，是个粗线条的天然呆。 就是这样的两人，在误打误撞之中获得了进入学园学习的资格，在学园里，两人遇见了奇怪的女孩子小翁（五十岚裕美 配音），小翁的头顶有一个神秘的天使环，而小翁所产出的被成为“天使之蛋”的甜品也彻底改变了两个女孩的命运。
舞台是象征理性的「青之世界」，然而正在遭受由本能支配的「红之世界」的生命体NightflyO’Note的袭击与侵略。17岁的主人公麻黄Akira就职为青之世界研究员，随后因为能力出众而被提拔为最前线的战斗指挥官，受命负责横跨石垣岛和西表岛而构成的对位相外防卫机关，通称「琉球LAG」。在那里她遇见了在第五战斗单元经过激战而全军覆灭之后，于四年前成立的第六战斗单元「IS」的学生们。主人公作为教官，率领着又称「Scared Rider Xechs」的6名骑手（Rider），共同浴血奋战，应对来自异世界的攻击和威胁。在这样的生活中，他们的友情也在逐渐加深。
