在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
深受过往失败所苦的花式滑冰选手，遇见一心追求滑冰梦想的年轻女孩，他决定成为她的教练，与她携手朝世界级金牌前进。
故事以位于关东的某所小学为舞台，主要描写以该学校的6年2班中的CP——绫濑花日和高尾优斗、苍井结衣和桧山一翔的学校生活为中心展开的只属于12岁的淡淡的恋情与友情。
