在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
“瞧一瞧看一看，暗芝居表演开始喽~” 伴随着稀疏冷清的鼓声，江湖艺人（津田宽治 配音）鬼魅的吆喝声再度响起，充满好奇心的孩子从四面八方聚过来，一同观看哪一个有一个让人胆战心惊并且回味起来已经冷汗直冒的恐怖故事。承接第一季，《暗芝居》的故事继续以洋片（紙芝居）的表现形式讲述短小精悍的恐怖故事，而此次制作阵容得到壮大，在恐怖领域占有重要席位的清水崇（《咒怨》）、井口升（《无限富江》）等导演相继加盟，无疑提升了本作第二季的恐怖指数。片尾曲方面，初音带来的《四十九日目》，其邪典气息不逊于前作。此外，官网依然不定期提供恐怖短篇小说，让爱好者们继续在幽暗的世界里徜徉。
曾几何时，一个神秘奇怪的生物（关智一 配音）将月球的70%蒸发掉，并且扬言在次年的3月破坏地球。为了捍卫地球，各国政府出动军队，调派最先进的武器攻击这个可怕的怪物，可是他们用尽了各种办法，却没有起到任何效果。谁知就在恐慌逼近的时候，该生物竟然来到椚丘中学3年E班担任老师，以潮田渚（东山奈央 配音）、赤羽业（冈本信彦 配音）为首的学生们各显其能，试图干掉这个“杀老师”，无奈对方拥有20马赫的速度，杀他几乎成为一件不可能的任务。平静的日子缓缓流淌，学生们丝毫没有放弃暗杀老师的念头。这一天，京都的修学旅行即将举行，少男少女各自组队，准备迎接快乐的时刻，同时策划对“杀老师”进行新一轮的暗杀…… 本片根据松井优征的漫画改编。
官方宣布动画化
某一日，对生活毫无干劲，只知道在网上购物的颓废男樱田纯（真田麻美 配音）收到了一封写着“上发条”和“不上发条”的信，好奇的他选择了前者，没想到，就因为这无意中的选择，一个充满神奇和争斗的残酷世界向他打开了大门。 名叫真红（泽城美雪 配音）的人偶出现在了纯的面前。原来，在百年之前，人偶制造的技术由于“蔷薇圣母”的发现而突飞猛进，于是，7个有自己的意识和思维的人偶诞生了。可是，制造者并不满足于此，他希望能够制作出最完美的人偶——爱丽丝，而怀着对制造者的爱，一场激烈的，夺取蔷薇圣母成为完美爱丽丝的战争在7个人偶之间展开。此时，新一轮的争夺即将开始，作为真红的新主人，纯会开始怎样惊险的冒险呢？
改编自同名轻小说作品，动画以魔族与人共同生活的街道为舞台，讲述了为各种魔物娘们看病的新人医生和医生的助手的日常生活故事。
