主人公游城十代在前往决斗学院的入学考试途中，与传说的决斗者武藤游戏相遇，并接受了武藤游戏的一张卡片。但是十代最终迟到并错过了考试。为此十代恳求克洛诺斯教授让他通过考试，并由此展开了决斗者之路。
在这众人都会魔法的世界，魔力高低成为了衡量地位的标准，而不会使用魔法的人则会遭到处决。马修天生不会使用魔法，被养父藏匿起来照顾。他为了自己跟家人能平安生活，决定用长年锻炼出来的一身肌肉与世界抗衡。
故事发生在科技飞速发展的未来世界，彼时，人工智能机器人早已经不是罕见之物，正慢慢地融入人类的生活之中。高考落榜之后，十八岁的青年水柿司（内匠靖明 配音）在父母的帮助下来到了SAI社工作，SAI社的主要产品即是名为“Giftia”的人形智能机器人。 水柿司被安排到了终端部门工作，来到办公室后水柿司才发现，这个部门的主要职责竟然是回收即将报废的机器人。在这里，水柿司结识了名为艾拉（雨宫天 配音）的少女，她其实正是一名机器人，艾拉外表冷漠不善言其，却有着意外可爱的一面。就这样，水柿司和艾拉成为了工作中的搭档，两人之间渐渐产生了真挚的友谊。
拥有多个灵魂的人，便可获得分解之力，感受到这个世界的实质，理解、掌握并且改变规则，为所欲为，连整个世界都被他们分解重组。面目全非的地球上，分解者站于食物链的顶端。“他”本该是其中之一，却选择了对抗，以最强分解者为目标，试图让世界回归原状，只为有机会能与所爱之人再次相拥。 上一季结尾，崛起者哈登、老K等人齐心协力击退了统治赫墨拉塔城的白昼女王。身体被分解的凯伦与TuP的克里曼均被情报贩子尼克带走，第一空间只留下艾琳和赫墨拉的女儿艾咪两人相依为命……而在第二空间，众多势力云集，那里又将掀起一场新的血雨腥风。
