主人公游城十代在前往决斗学院的入学考试途中，与传说的决斗者武藤游戏相遇，并接受了武藤游戏的一张卡片。但是十代最终迟到并错过了考试。为此十代恳求克洛诺斯教授让他通过考试，并由此展开了决斗者之路。
三桥晴子的看护对象高泽喜十郎，被寺田卓送去成为由第6世代电脑控制的高性能看护床“Z-001”实验对象。为了救出喜十郎，晴子在骇客老人的帮助下利用喜十郎亡妻高泽春的声音来唤醒喜十郎，电脑却因此产生春的人格而开始失控。
