主人公游城十代在前往决斗学院的入学考试途中，与传说的决斗者武藤游戏相遇，并接受了武藤游戏的一张卡片。但是十代最终迟到并错过了考试。为此十代恳求克洛诺斯教授让他通过考试，并由此展开了决斗者之路。
水门都市普利斯特拉一战中，昴一行艰难取得了胜利，但代价却过于沉重。由于"暴食"的权能，蕾姆陷入沉睡，库珥修失去了记忆，而尤里乌斯则被夺走了名字。 在寻找拯救他们的线索的过程中，昴得知了那位据说能看透一切、拥有所有知识的"贤者"夏乌拉的存在。 下一个目的地便是贤者居住的"昴宿星团观测塔"——那是矗立在就连最强的"剑圣"莱因哈特都未能征服的大沙漠"奥古利亚沙丘"深处的、位于世界尽头的巨塔。 肆虐的自然灾害、未知的魔兽，以及超乎想象的威胁，重重险阻横亘在前。为了与同伴一起，夺回失去的一切，少年赌上性命的旅程就此拉开序幕——
