主人公游城十代在前往决斗学院的入学考试途中，与传说的决斗者武藤游戏相遇，并接受了武藤游戏的一张卡片。但是十代最终迟到并错过了考试。为此十代恳求克洛诺斯教授让他通过考试，并由此展开了决斗者之路。
8年陪伴，共证终章！星辰变系列最终季，天尊山降临，灵宝母鼎现世，引发诸神王对“苍天印”、“后土印”、“万民印”的疯狂争夺。初为人父的秦羽为救兄弟侯费，卷入与血海女王等强敌的对抗。当姜澜夺得后土印成为众矢之的，秦羽展现出惊人实力震慑群雄。然而万民印的出现带来更惨烈的厮杀。血海女王不惜血染神王夺得万民印，秦羽为夺回此印怒斩强敌。为终结这场纷争，他设下计谋，将觊觎者引入自己的神秘领域，并在此了结宿怨。最终，三印合一，新的天尊诞生。但旧日恩怨未消，天尊级强者前来寻仇，却引发了意想不到的后果。秦羽的命运，也随之走向一个超越所有神王想象的未知境界。
乱世之下，妖祟横生，奸佞当道。又值幽界入侵，人、幽两界势力荼毒人间，捕蛇者许应因看不惯为幽界卖命的草头神欺压百姓，反抗犯下弑神之罪，又出手打死了不作为的朝廷官员，遭两界势力追杀，开启了逃亡的生涯······
