自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
冰川小雪是一位内向的学生，她总是向外筑起一道高高的心墙，只跟儿时好友安昙美姫互动。有一天，名叫雨宫凑的男孩，没来由地开始试图打进小雪的心房，扰乱了她平静的生活。孤僻的小雪、受欢迎的美姫、没有边界感的凑和散漫的篮球员阳太，一起共度尴尬、偶有挫折却很充实的学生生活。一段由青春交织而成的群像剧即将展开。
