自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
“流星塾”出身的“园田真理”，收到了来自父亲“花形”寄来的不明物品：“Faiz Gear和其专属机车”。为了问明父亲的用意，真理前往位于东京的巨大企业“SmartBrain”拜访父亲。途中遇上到处旅行的“干巧”，因真理放Faiz Gear的旅行袋和干巧被偷走的旅行袋一样而产生误会。正在争执的时候，两人被突然出现的不明怪物袭击．．．。 “把Faiz腰带交出来！” 另一边，“木场勇治”是一位家境富裕，父母慈祥和蔼，有交往将满一年女友的幸福青年。一场车祸夺走勇治双亲的性命也令勇治陷入昏睡。两年后，在勇治心跳停止，医生宣告死亡的当晚，“木场勇治”再次醒了过来．．．。
上古末世，辉华族少女曦和自惨痛的族地叛乱中出逃，脱离穹冥魔族掌控踏上寻找屠魔神剑之路，掀起六军之战。
以室町时代为舞台，讲述了后来被称为世阿弥的美少年“鬼夜叉”的故事。在一切以技艺为重的父亲观阿弥身边长大，鬼夜叉始终无法理解人类为何会享受艺术与表演。某一天，他在村子边缘的一户民宅中，看见一名唱歌跳舞的女子，竟不由自主地觉得很好……好奇心旺盛的鬼夜叉在与他人的相遇中学会欢笑与哭泣，直面自身的软弱，一边体会无常的人世，一边逐渐孕育出一种全新的舞蹈形式。
