自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
动画的故事舞台设定在现代的涩谷之中。主角织田龙平在小学时目击过憧憬的哥哥的神秘死亡现场。现在是高中生的他，早已摆脱了当时的恶梦。和平常一样练着拳击的某天晚上，他被奇怪的生物咬了一口，坠入了一个和平常不同的梦。
时间是西元2040年。罹患罕见疾病的青年·怜人，在与青梅竹马绘理沙相约再会之后接受了冷冻睡眠治疗。过了5年后，怜人醒来之后等待他的却是全世界99.9%的男性皆感染病毒而死，现存50亿人口大多为女性的世界。近未来情色悬疑物语就此开幕。
普通高中生四月一日君寻（福山润 配音），有着异于常人的体质，他可以看到并且吸引各种鬼怪，而如果和同学百目鬼静（中井和哉 配音）在一起时，就不会被鬼怪缠上。因为命运的牵引，四月一日走进了一家奇怪的店里，这是一家可以帮客人实现任何愿望的店，但是店主人壹原侑子（大原沙耶香 配音）同时要拿走和这愿望对等的代价。侑子答应帮四月一日实现远离鬼怪的愿望，而作为代价，四月一日要留在店里打工。 有一天，一个阴郁的少女走进店里，委托侑子实现自己的愿望。由此，侑子、四月一日和百目鬼三人来到了一所诡异的豪宅里。在这里，他们遇到一群奇奇怪怪的收藏家，同时，四月一日在这所大房子中遭遇了各种各样的灵异事件，犹如在仲夏夜里做了一场诡秘的梦……
一位平凡的青年，在一场可怕的交通事故中丧生，误打误撞下竟然转生来到了异世界里，并被一位自称是贤者的法师梅林（屋良有作 配音）给捡回了家，梅林给这个孤零零的孩子取名为西恩（小林裕介 配音），开始教授他使用魔法。 一晃眼15年过去了，西恩从一个嗷嗷待哺的婴儿成长为了有为青年，名师出高徒，在师父严厉的教导之下，西恩已经拥有了非常强大的力量。当西恩决定进入亚尔斯海特高等魔法学院继续深造之时，梅林才发现，这么多年来，他一直只教西恩魔法，竟然忘记了规训他的常识，这也就意味着，西恩即将在对常识一窍不通的情况下进入学校和同龄人们开始集体生活。
完美的我为什么…会对什么老土男兴奋啊…！？放荡自恋男×脱下衣服很煽情的邋遢男，倔强的 BL 开幕！──梶虽然表面工夫既好又是人气王，私底下却会帮他人打分数、看不起别人。他不断追求理想，寻找有没有配得上自己的最佳完美 0 号。一日，他不得不和不起眼的同事・深见一起外宿出差。唯有这家伙，就算我们单独 2 人到了无人岛上，我也不可能会和他做──他原本是这么想的，但是刚洗完澡深见却可爱又…性感到，让他怀疑自己看错！？顺势被拥抱的身体别说是 0 分了，根本是 100 分满分…！
