在人类生活的世界里，存在着另一个完全独立的平行世界纳尤古。纳尤古由拥有魔法的精灵师和精灵组成，他们将人类世界称之为“大方块”。10岁的小学生包小龙，大方块的一名小学生，然而他天生就有点不同，常常把老鼠、蟑螂等动物们看成可爱的小精灵。小龙的异常得不到家人的理解，更被同学和小伙伴们排斥。有一天，一颗粉红色的流星飞进了小龙的眼睛里，他开始听得到小精灵们的心声。精灵们不断涌现，惊呼小龙就是“那个人”黄金龙的精灵师。正当小龙迷惑不解时，他收到来自纳尤古齐格威精灵师学校尤达校长的信。
一场车祸夺走了34岁无业家里蹲男青年的生命，当他再度苏醒之后，震惊的发现自己竟然穿越到了异世界中，附身在了一位名为鲁迪乌斯（内山夕实 配音）的贵族少爷身上。面对这命运之神给予他的重新来过的机会，男子发誓这一世一定要拿出点真本事来认真的生活。然而，尽管鲁迪乌斯有着这般宏达的决心，但废柴大叔的本性却还是屡屡暴露。 沉默寡言的三无魔法师洛琪希（小原好美 配音），个性软弱，因此想要学习魔法来自我保护的希露菲叶特（茅野爱衣 配音），个性暴躁但体能超强的艾莉丝（加隈亚衣 配音），和鲁迪乌斯一起在异世界里生活的，是这些可爱的女孩们。
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。
次郎是光明寺博士为了替代死去的儿子一郎而倾尽心血的产物，但是作为一个有自主意识的人造人，次郎的思维装置——良心回路在完成的时候出了问题。人类害怕次郎，因为次郎可以不断学习，最后超越人类；而机器人也讨厌次郎，因为拥有良心回路的机器人更加接近人类。并且，有良心回路的机器人是可以拒绝命令的，这更是让次郎被人类和机器人两边都排斥的原因。 在于基路教授战斗中，次郎一边通过战斗学习促使良心回路成长，一边寻找光明寺博士的下落。这时，自称次郎的弟弟的人造人三郎为了确认自己存在的意义而向次郎发起了挑战，而让次郎无法还手的利用就是，冷酷的基路教授把光明寺博士的脑放在了三郎体内！！
