在人类生活的世界里，存在着另一个完全独立的平行世界纳尤古。纳尤古由拥有魔法的精灵师和精灵组成，他们将人类世界称之为“大方块”。10岁的小学生包小龙，大方块的一名小学生，然而他天生就有点不同，常常把老鼠、蟑螂等动物们看成可爱的小精灵。小龙的异常得不到家人的理解，更被同学和小伙伴们排斥。有一天，一颗粉红色的流星飞进了小龙的眼睛里，他开始听得到小精灵们的心声。精灵们不断涌现，惊呼小龙就是“那个人”黄金龙的精灵师。正当小龙迷惑不解时，他收到来自纳尤古齐格威精灵师学校尤达校长的信。
在从便利商店回家的路上，突然被异世界召唤的少年菜月昴。在无法依靠任何东西的异世界，无力的少年手唯一的力量……那是“死去然后重新开始”的力量。为了守护最重要的人们，为了取回确实存在着又无可替代的时间，少年抗拒着绝望，勇敢地面对着残酷的命运。（本次新编集版在第一季动画基础上追加新场景，以2话合并成1话的形式制作成单集时长1小时的特别篇）
由于风之神希尔的失误而死亡，转生了的青年巧。 从希尔那里收到了表达歉意的各种技能， 然后被传送到他所管理的异世界安特尔蒂亚， 却刚好降落到了危险魔物出没的大森林……。 巧在那片森林中，发现了看起来像是双胞胎的男童女童。 为了两人的安全，取名为艾伦、艾琳娜保护他们。 两人人用格斗术轻易地打倒了魔物，巧对此感到十分震惊， 就这样一路到达了镇上，为了生计…
本田透是一个天真、善良、迷糊的高中女生，从小与妈妈相依为命。但一场车祸夺去了妈妈的生命，让小透成了一个孤儿，她带着全部家当搬到山林里，过起了林间独居的帐篷生活。在命运的安排下，小透无意中走进了一个古老大宅，邂逅了奇怪的男子草摩紫吴。原来他是草摩由希的表哥，而由希又是学校里一致公认的王子，这间大宅正是由希的住所。当天晚上林间土石塌方，小透所住的帐篷被土石掩埋，幸好由希和紫吴将她及时救出，让她暂时住进他们的大宅里。 草摩家族几百年的秘密被小透发现，由希、紫吴等人只要被异性拥抱，就会立刻变身为十二生肖中的对应生肖。另一个神秘的少年阿夹，不仅变身为猫而且还隐藏着这个家族中更大的秘密。草摩家族的当家人发令，必须消除知道真相的小透的记忆。而小透一句“就算我的记忆消除了，请你还是继续和我做朋友”感动了由希、阿夹等人，她更像一缕温暖的阳光，照亮了阴雾重重的草摩家族。
大学一年级学生·都仓碧因机缘巧合而来到咖啡厅“Rainy Color”打工。在那里他遇到了冷淡的帅哥岩濑启一、举止轻率的樱木凉太、温柔又是女性杀手的老板古贺紫苑、以及过于自由奔放的店主天见浩司。这是在“Rainy Color”展开的真心喜剧！
《魔法少女奈叶Detonation》是计划于2018年10月19日上映的日本动漫《魔法少女奈叶》系列的剧场版动画片，也是继剧场版《魔法少女奈叶Reflection》的后篇作品。原作、编剧为都筑真纪，监督滨名孝行。
