新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来， 人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。 具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员， 与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！ 究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。 变身！SHINKALION！
被称为“红色彗星”基恩公国军的王牌飞行员,‘势’和他的妹妹敲定了《塞拉·玛斯’的命运悲剧的开始和过去~两兄妹的流转的故事背景,边路~3掌握实权,基恩公国,统帅ザビ家,ランバ・ラル和黑色三连星等“一年战争”中活跃了无数的基恩军队著名的跳蛙王牌飞行员们年轻的日的英勇,战况戏剧性地改变了人型机动武器开发“出”的轶事,与地球联邦军的分歧和对开战的路线等，作为映像第一次被描写“一年战争”以前的过去的故事。
“天才”在被发现后开始塑造其轮廓。此时，天才前锋凪诚士郎的自我正征服世界！！ 把“好麻烦”挂在嘴边的高二学生凪诚士郎，整天过着百无聊赖的日子，直到梦想成为世界杯冠军的同校同学御影玲王发现了他的天赋。在玲王的邀请下开始踢足球的凪，发挥出了超乎想象的足球天赋。某日，他收到了“蓝色禁区”计划的邀请函，等待他的是与洁世一、蜂乐回、糸师凛这些从全国各地精挑细选出来的前锋们的集结。强强激战中，最终，天才凪诚士郎迎来“觉醒”时刻！
