C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士......
未来时代，地球上的植物全部枯萎。在此期间，天地公司研制了仿真植物，只不过投入市场后效果并不理想，令该公司老板昆总（李传缨 配音）和总监文静（杨梦露 配音）大伤脑筋。文静的女儿小雨（张安琪 配音）全心期盼和母亲共度生日，谁知却空等一夜。愤怒的小家伙前往天地公司寻找母亲，却阴差阳错被一束蓝色光芒集中。这道光来自天地公司研发的空间转移装置，它将小雨传到一个充满绿色植物和奇怪生物的美丽星球。在被怪兽追杀之际，她得到了蓝色皮肤的男孩布勒（李正翔 配音）的救助。原来布勒的孙博士（王肖兵 配音）12年前来到这里寻找智慧树种，以开发全新的仿真植物基因。 神秘未知世界，小雨即将经历一生最重要的冒险……
