C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士......
遥远未来，世界人口数在迎来巅峰后，开始呈现下降的趋势。人类为了让物种繁荣存续，制作出管理生态系的AI，并执行「人类多样化实验」。常人、兽人、魔族等经过遗传因子改造诞生的「多样人种」，在环绕高壁的生活圈之中，打造出被称作「CLUSTA」的「多样城镇」。有着丰富人口的「CLUSTA」，在各地都有不同的文化发展以及适合在地生活的人类居住。 为了不面临灭绝，人们都在AI的管理下度日──。
上古时期妖兽纵横，一位神秘道人分别授予了阴阳五行的特殊能力给金木水火土五个家族来抵抗妖兽，他们将妖兽驱赶到神隐雾山之中，设立结界。 雾山之中另有被封印于巨阙神盾之中的具有强大灵力的麒麟兽，常常吸引来那些想要提升妖力突破结界的妖兽。火行使者闻人翊悬为救其母私自打开了巨阙神盾，小麒麟趁机偷溜出来，妖兽界将掀起一 股腥风血雨......
主人公小林是一位女性系统工程师，某天她喝酒喝的很醉兴冲冲的跑到了山上遇到了一头龙，酒醉之下的小林对着龙大倒苦水。听到龙说自己无家可归时，小林趁着酒意开玩笑的说“那你就来我家吧”，之后龙真的就跑到小林的家里，并且还变成了一位女仆——于是一位龙女仆和小林的同居生活就这样开始了……
遥远银河彼端，闪耀着一颗孕育魔法神力的星球——维尔哈伦。在至高天神的庇护下，这里的人民过着平静的生活。直到纪元3836年，一名神秘的黑衣人携着毁灭邪焰突然降临，却发现自己弄错了时间和地点，好在既定的命运一如他手中那本时之文书所记载……神力火焰失去掌控，到处肆虐，大祭司云轩为平定灾厄，决定在明鲸港召开“和平之祭”，选拔各国精英， 筹建灾厄特勤组，故事就从这里开始……
