C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士......
打倒“妖神颂五力”的三年后，马场柠檬已经是国中生。某日，阿拉拉城空中突然出现了巨大奇怪物体…
在西天取经后的十六年，为了抢夺奇经，一群神明打破了平静，机缘之下的狼少年加入原西行团队，命运的轮盘就此转动，重返十六年的西行之路正式开启，这一次冒险是为了最初的那个梦。
这一年是1992年。这个以前被称为美国的国家现在被称为伊甸园，一个由宣传和腐败统治的技术官僚国家。超级战士多尔夫·激光鹰刚刚被他一生的挚爱背叛，被关进了伊甸园最高安全监狱Supermaxx。为了生存，他现在必须带领一群叛逆者进行危险的卧底任务。
