宇宙中的神秘组织似乎对能源核感兴趣，然而五位超人在拯救星星球时失踪了，黑暗势力悄然来袭，谁能承担起守护能源核的重任？ 五超人前往灰心星球追查越狱的月舞星影下落，却意外发现月舞星影的目的竟然是灰心星的能源核。超人在追查过程中，意外得知大大怪竟然是一直侵略星星球的背后真凶， 但为了保护灰心星球，超人们决定暂时和大大怪（高全胜 配）合作对抗月舞星影以及背后的宇宙黑暗势力。在这个过程中，他们不仅发现了5颗能源核背后隐藏的重大秘密，也知道了伽罗体内黑暗力量的真正来源。
故事发生在一个妖怪与人类共存的世界中。众多的妖怪分为激进派和保守派，其中，激进派的妖怪们经常会犯下危害人类安全的案件。为此，一个名为“妖人省”的机构成立了。在妖人省中，拥有一半妖怪血统的人类被集结起来，他们和人类组成搭档，专门解决由妖怪引起的不思议事件。 西王石榴（中原麻衣 配音）就是妖人省的一员，她的搭档是外形超级俊朗但是内心十分害怕妖怪的军官总角景（樱井孝宏 配音），石榴经常因此而嘲笑胆小的景。此外，还有性格内向的薄萤（花泽香菜 配音）和她的搭档芳野葛利剑（日野聪 配音），古灵精怪的姐妹鬼灯（堀江由衣 配音）、雪洞（丰崎爱生 配音）和她们的准夫君花桐丸龙（尾裕贵 配音）。在调查事件的同时，石榴为何会成为半妖的原因也渐渐的浮出了水面。
幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。
2032年的洛杉矶。 一名年轻女子醒来时没有任何记忆，并且身怀致命绝技。 解开她秘密的唯一线索是一个上了锁的数据设备和一个黑莲纹身。 拨开迷雾，她必须追查那些对该她残酷而血腥的过往有个交代的人，以找出她身份迷失的真相。
