宇宙中的神秘组织似乎对能源核感兴趣，然而五位超人在拯救星星球时失踪了，黑暗势力悄然来袭，谁能承担起守护能源核的重任？ 五超人前往灰心星球追查越狱的月舞星影下落，却意外发现月舞星影的目的竟然是灰心星的能源核。超人在追查过程中，意外得知大大怪竟然是一直侵略星星球的背后真凶， 但为了保护灰心星球，超人们决定暂时和大大怪（高全胜 配）合作对抗月舞星影以及背后的宇宙黑暗势力。在这个过程中，他们不仅发现了5颗能源核背后隐藏的重大秘密，也知道了伽罗体内黑暗力量的真正来源。
幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。
有着共同之名“人形”的少女们，在战场上她们是所向披靡的勇士，在宿舍中则是一个个欢乐的活宝，游戏里的梗，玩家之间的热门CP，喜闻乐见的段子组合，一切尽在其中。
