神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
时空之隙开启，书院众人来到了现代课堂，新课堂新老师新朋友，可爱的小伙伴们又会产生什么样有趣的故事呢？航天知识的小剧场即将开讲啦！敲黑板！记得认真听课，科学小记者们还有很多小知识要传授给大家哦！！
“要和我结婚吗？为了守护住我们的单身生活。” 在首都圈的旅行代理店JTC的企画部工作的拓也和莉香都不擅长人际交往，虽然平淡无华，但是各自过着充实的单身生活。随着公司打算在西伯利亚开设分店，单身者将会优先被派遣到海外，陷入困境的莉香向拓也提出了某个计划……几乎没说过话的两个人，在短短365天之后就要结婚了!?
