神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
被撤职的锦衣卫袁小棠与青梅竹马的方雨亭为寻找父亲失踪的线索潜入鬼街、在朋友石尧山等人的帮助下，一路逛鬼街、破机关、遇各路神秘人物……乱斗与阴谋轮番上演，随着旧事的重提，一切谜团都渐渐有了答案。
春日望美（川上伦子 配音）是一位非常平凡的女子高中生，某日，在放学回家的途中，望美听到了神秘的召唤声，从而来到了一个正在进行着源平之战的平行异世界之中。在这里，望美的身份是拥有神力万分尊贵的白龙神子，怨灵的存在导致了时空的扭曲，望美想要回到原来的世界只有一个方法，那就是不断的封印怨灵，提高自己的龙神之力。 外冷内热，总是在危急时刻挺身保护望美的源九郎（关智一 配音）、个性活泼主动，开朗乐观的西诺也（高桥直纯 配音）、博学多闻，举止稳重的武藏坊弁庆（宫田幸季 配音）、打扮华丽，举止轻浮，却对神子忠心耿耿的梶原景时（井上和彦 配音），在这些可靠的队友们的帮助下，望美能否成功回到自己的世界呢？
故事以一連串女高中生離奇死亡的事件開始，深陽學園2年C組的女學生宮下藤花原來隱藏著「Boogiepop Phantom」的第二重人格，行為奇異，究竟宮下是否這些死亡事件的主谋？ 「Boogiepop Phantom」到底是都市中傳說的死神，還是正義的使者？
大学一年级学生·都仓碧因机缘巧合而来到咖啡厅“Rainy Color”打工。 在那里，他遇到了冷酷的帅哥岩濑启一、举止轻率的樱木凉太、温柔又是女性杀手的“Rainy color”老板古贺紫苑、以及过于自由奔放的店主天见浩司。就这样，围绕“Rainy color”展开的充满热情的喜剧正式开演。这是在“Rainy Color”展开的真心喜剧！
故事发生在神世纪300年，表面看来，结城友奈（照井春佳 配音）是一个平凡的初中二年级女生，个性开朗热情的她是校园中的活跃分子，深受老师和朋友们的喜爱。可实际上，放课后的她还有着另一重身份——勇者部的部员。 友奈的邻居兼好友，沉默寡言却意外的温柔的东乡美森（三森铃子 配音）、个性大大咧咧果断直率，却意外的擅长做家务的犬吠埼风（内山夕实 配音）、风的妹妹，像小动物一样惹人怜爱的犬吠埼树（黑泽朋世 配音）、看似桀骜不驯难以接近，实际上非常害羞傲娇的三好夏凛（长妻树里 配音），除了友奈，活跃在勇者部的是这些性格迥异的女孩们，她们所要面对的，是名为巴提克的强大敌人。
她年纪轻轻就被推上了皇位，而她在朝中的名声极差——不学无术，强抢民男，她也是太傅眼中的扶不起的阿斗。色厉内荏，为帝时，表面上看起来有气势，实际上容易一秒怂，内心戏很多，喜欢吐槽。看起来荒淫无度，实际上内心纯洁，仅仅是喜好美男。不爱学习不用功，于治国上没兴趣，喜好玩乐，所以后来被人设计，流落民间，被男主所救，努力假装自己不过是女帝的替身。
