十三世纪，幼小的奴隶希塔拉在伊朗东部城市图斯被奴隶商委托给一个学者辈出的家族进行教育。希塔拉起初试图逃跑，但她被教导了知识的重要性，希塔拉在这里被女主人法蒂玛视为女儿般的宠爱，并学习了欧几里得的《几何原本》等诸多知识。家族的继承人穆罕默德为了研究学问而前往内沙布尔后 8 年，图斯遭到蒙古人的袭击。希塔拉被拖雷的军队俘虏，法蒂玛为了保护希塔拉而被杀害。此外，《几何原本》也被抢走了。被带到蒙古的希塔拉开始思考对蒙古的复仇。
暴风的前兆，即将撼动整个风之大陆，一场内幕重重的婚礼，引来各方人士觊觎，令仙罗城成为七大宗门明争暗斗的角力场。 胸怀大志的兰斯洛、剑术卓绝的花次郎、神秘多智的鸿五郎和混水摸鱼的天地有雪，乘着这股暗流，或有意，或无心，因缘际会，齐聚仙罗，共同掀起冲击风之大陆的滔天巨浪。
名门木叶学院转入一个神秘的转校生漩涡鸣人，就此一段忍者们的校园生活展开了。
