《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
300年前，沿海居民不堪忍受外来殖民侵略者的压迫与搜刮，组成海盗与殖民者作战。海盗们将殖民者的财宝抢来埋藏在一片神秘海域，传说堆积如山的财宝光芒闪耀，变成美丽的彩虹，从此海盗和他们的宝藏以彩虹而闻名。自称彩虹海盗后人的海狸波波（谢元真 配音）将传说编成故事说给海底居民们听，结果引来了寻找财宝不成的海马家族以及凶狠神秘的独眼鲨（谭满堂 配音）。危急时刻，波波得到小潜艇阿力（范楚绒 配音）的救助。他们带上小潜艇贝贝（洪海天 配音）以及海马家族，踏上了寻找彩虹宝藏的旅途。 浩瀚无垠的大海尽头，等待这群冒险者的将会是什么？
影片的设定图也一同曝光。本片是为纪念《小魔女DoReMi》推出20周年而推出，由原动画版原班人马制作。
