在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
丝碧卡・瓦戈的目标是考上「戴安娜魔术学校」，成为一等魔术师。但却一直无法成功使用魔法飞行。某一天她遇到了一只会讲人话的黑猫，没想到那只黑猫的真实身份竟然是失踪的魔术大师克劳德！克劳德为了解开诅咒，必须要借用丝碧卡的魔力。然而目前丝碧卡的魔力还远远不够，因此克劳德便开始教导丝碧卡练习魔法、增强实力，让她朝着成为一等魔术师的目标前进！
2016年日本的首都圈突然出现巨大的茧。从初次确认以来已经过了数月，其正体仍未判明，人们将这正体不明的茧称作Phenomenon。唯一能够明白的是被吸收到Phenomenon内侧的人们会开始发狂并互相残杀。对此感到焦躁的日本政府为了解决突然出现的Phenomenon而组织了特殊部队。总务省情报管理厅管辖扩张现实特殊战略队群特别攻击队——又名扩张少女系三重奏。
塔罗、蒸汽朋克、超能力……周明瑞自异世界而来，加入了这个以疯狂与恐怖为底色的世界，成为了“克莱恩”。
