故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变（也解释了两系列风格不同的原因）。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验，本作品的标题也由此而来。 值得一提的是，本次两派领袖 擎天柱 和 威震天 的配音者是久违的梦幻组合：来自初代动画的 Peter Cullen 和 Frank meijubar.net Welker！他们在阔别电视版的变形金刚作品多年后，再次一起回来共演这双经典的死对头！
这部《魔胎传》有两集，分别是上集《狂王復活への祈り》和下集《新宿摩天楼大戦 》。有些人说剧情不衔接之前三部曲这是事实，但其实这部的故事设定发生在之前三部曲之间，相当于是补了一作插叙，目的是为创造出“狂王”这个可以对抗超神的力量好让剧情得以延续下去。
樱花飞舞的春天，前往学校途中的少女风浦可符香，发现在樱花树上吊的男子。匆忙之下将男子救下的她，却得到了“真死了怎么办？！”的奇怪质问。面对这名超消极男子，乐观的可符香提出了“上吊的人只是想增高”的无厘头解释，并以“桃色部长”的花名称呼这名男子。 离开男子的风浦可符香来到教室，却发现刚刚见面的男子，正是学校来的新教师——糸色望。因汉字合起来是“绝望”而被学生称为“绝望老师”的望、口头禅是“绝望了！对xx的世界绝望了”。他与2年へ班32名学生的爆笑校园生活就此开始。
巽幸太郎（宫野真守 配音）表面看上去是一个平凡无奇的男子，实际上，他正在策划一个名为“僵尸乐园偶像”的诡异计划，他疯狂的复活了7个可爱的女孩子，让她们成为僵尸偶像，展开了一系列的活动。 有些天然呆，失去了前世记忆的源樱（本渡枫 配音）、个性火爆非常讲义气的二阶堂咲（田野麻美 配音）、性格坦率而又要强的水野爱（种田梨沙 配音）、在80年代就已经成为当红偶像的绀野纯子（河濑茉希 配音）、明治时期活跃的花魁夕雾（衣川里佳 配音）、天才童星星川莉莉（田中美海 配音）和依然没有恢复意识还处在僵尸形态的山田多惠（三石琴乃 配音），这7名曾经活跃在各自时代的明星们集结在一起，能否重新找回过去的辉煌？
The Turtles experience outer space and alien life for the first time.
