故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变（也解释了两系列风格不同的原因）。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验，本作品的标题也由此而来。 值得一提的是，本次两派领袖 擎天柱 和 威震天 的配音者是久违的梦幻组合：来自初代动画的 Peter Cullen 和 Frank meijubar.net Welker！他们在阔别电视版的变形金刚作品多年后，再次一起回来共演这双经典的死对头！
悍娇虎（凯瑞·华格伦 配音）少女时候跟着师傅（达斯汀·霍夫曼 配音）辛苦练功，却始终无法得到师傅的认可。终于有一天，强敌野猪来袭，打败了一众高手，几乎无人能敌。混血大师被击败后来到翡翠宫找师傅，希望师傅能阻止野猪，于是师傅答应接受挑战。可是就在比武的前几天，师傅因为吃了阿波（杰克·布莱克 配音）做的饭而食物中毒无法应战，无奈之下指派悍娇虎带着卷轴去寻找神奇四侠，一连串的巧合之下，悍娇虎带回了快螳螂等人，自此故事发生了逆转……
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
本次故事舞台在自由、热情的海滨城市——新旧金山。搬到这里的无敌，遇到了一位自称DJ的男子。而DJ使无敌变身成为了名叫“无敌侠”的劲舞英雄。二人立志携手用歌声与舞蹈击退突然出现的怪物，守护整个城市。而这一切的背后，一场威胁整个人类的危机正暗流涌动……
眼见与蛋头博士的一场激战导致宇宙崩毁，刺猬索尼克必须急速穿越平行时空，寻找失去联系的朋友，携手拯救世界。
