故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变（也解释了两系列风格不同的原因）。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验，本作品的标题也由此而来。 值得一提的是，本次两派领袖 擎天柱 和 威震天 的配音者是久违的梦幻组合：来自初代动画的 Peter Cullen jijidy.com 和 Frank Welker！他们在阔别电视版的变形金刚作品多年后，再次一起回来共演这双经典的死对头！
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。
又是一年暑假到来，胖虎（木村昴 配音）和小夫（关智一 配音）怂恿大雄（大原惠 配音），让他拜托哆啦A梦（水田山葵 配音）去寻找尚未被人类开发的秘境。在此期间，一条脏兮兮的小狗不请自来，它成功帮妈妈找到丢失的包，于是成了野比家的宠物，并得名扁扁。扁扁操纵卫星照相机拍到了神秘石像的照片，以此为契机，大雄、哆啦A梦、胖虎、小夫以及静香（嘉数由美 配音）组成了一支少年非洲密境探险队。他们一路上历经千辛万苦，更险些丢掉性命。而当离巨神像越来越近时，小伙伴们出乎意料发现了扁扁以及一个神秘王国的秘密。原本快乐的探险变成一场凶险的战争，他们能否拯救那个国家吗？ 本片根据藤子•F•不二雄同名大长篇漫画改编。
春日望美（川上伦子 配音）是一位非常平凡的女子高中生，某日，在放学回家的途中，望美听到了神秘的召唤声，从而来到了一个正在进行着源平之战的平行异世界之中。在这里，望美的身份是拥有神力万分尊贵的白龙神子，怨灵的存在导致了时空的扭曲，望美想要回到原来的世界只有一个方法，那就是不断的封印怨灵，提高自己的龙神之力。 外冷内热，总是在危急时刻挺身保护望美的源九郎（关智一 配音）、个性活泼主动，开朗乐观的西诺也（高桥直纯 配音）、博学多闻，举止稳重的武藏坊弁庆（宫田幸季 配音）、打扮华丽，举止轻浮，却对神子忠心耿耿的梶原景时（井上和彦 配音），在这些可靠的队友们的帮助下，望美能否成功回到自己的世界呢？
