故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变（也解释了两系列风格不同的原因）。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验，本作品的标题也由此而来。 值得一提的是，本次两派领袖 擎天柱 和 威震天 的配音者是久违的梦幻组合：来自初代动画的 Peter Cullen jijidy.com 和 Frank Welker！他们在阔别电视版的变形金刚作品多年后，再次一起回来共演这双经典的死对头！
在火焰魔女事件之后，莫凡再次投入到魔都学府的修炼中，但就在最关键的时刻，突然传来了好兄弟张小候失踪的消息。重感情的莫凡立即停止赛程，带着魔都血族好友柳茹共同赶赴古都，闯入了正处于妖魔活跃期的中心地带。
在爱媛上学的中学三年生青井苇人，在那纤弱的身体中隐藏着强烈的足球天赋，但是因为那太过直球的性格，让他经历了很大的挫折。在这样的苇人面前，出现的是东京city esperion的青年队监督福田达也。
从高中时代就开始暗恋学长荀枫的林鹿考进了荀枫所在的大学，新生报名后，林鹿在树下悄悄说出自己的暗恋小心思，没想到居然被树上的帅哥——新任校草夏翊听到了，林鹿惊慌失措，在回家的路上居然发现夏翊和女明星茗窈“约会”？！夏翊不想让自己的秘密暴露，便说能帮林鹿追到荀枫，由此，一段懵懂的情感物语就此开始。
令和末期，日本因全球核战影响走向衰败，大量难民涌入，更严重的病毒、大地震、苛政与饥荒接连发生，引发民众暴动，国家体制崩溃，人口锐减至原来的十分之一以下，文明水平倒退至明治初期，并分裂为“大和”“武凰”“圣夷”三国。约一百年后，大和历56年，生于爱媛郡的少年三角青辉登上历史舞台，一段以日本再统一为目标的时代故事由此展开。
