在《Fate/Zero》中，与征服王伊斯坎达尔一同跨越了第四次圣杯战争的少年，韦伯·维尔维特。时光流转，少年继承了君主·埃尔梅罗的称号，以君主·埃尔梅罗Ⅱ世的身份，在魔术师们的总部·时钟塔面临了各种充满神秘的事件——
曾经有一场被称作“厄祭战”的大型战争。那场战争终结后过了大约300年。 地球圈失去了至今为止的统治机构，在新的支配体系下，新世界被构筑起来。一时的和平到来，与此同时，远离地球的火星圈燃起了新战争的火种。 主人公——少年三日月·奥古斯，从所属的民间警备公司克律塞安保公司（下称CGS）那里，接受了打算让在地球势力统治下的火星都市独立的少女库德莉亚·蓝那·伯恩斯坦的护卫任务。但，CGS受到摘取反叛之芽的武力组织加拉尔霍恩的袭击，于是在把三日月这些孩子当做诱饵后撤退了。少年们的领袖，奥尔加·伊兹卡认为这是个机会，并决定对虐待自己的大人们掀起反旗。被奥尔加托付击退加拉尔霍恩的三日月，利用被当做CGS动力炉来使用的“厄祭战”时代的机动战士——高达·巴巴托斯，向敌军发起挑战。
“私立键等学园”。这里是，20年间从全世界的key粉那里榨取了超过琵琶湖总水量（推测）的眼泪的，传说中的猛人们聚集的魔境……或者说，理想乡。粉丝们的泪腺已经无法满足他们，于是他们破坏了世界之壁聚集在一起。他们的目的是——在新世界讴歌新的学园生活。无限自由。无限快乐。无限幸福。梦幻般的故事，在此开始。
在边境之地的万年青铜级冒险者的主人公雷特。他十分不幸地遭遇到迷宫深处的强大魔物，败北了。当他回过神来，已然变成骷髅人《skeleton》。如此一来他甚至都无法回到城镇里，在苦恼过后，他回想起魔物存在进化这件事。总而言之，他决定先以得到肉体为目标，在迷宫里打倒魔物。
