前作の主人公・円堂守ら率いる日本代表選手「イナズマジャパン」がFFI世界大会で優勝した10年後、松風天馬はそんな円堂らイナズマイレブンに憧れ、雷門中学校に入学し、雷門サッカー部に入部。しかし、サッカーは腐敗し、あの頃の熱いサッカーはどこにもなかった。突然、渦巻く暗雲に巻き込まれていく天馬たち。それが悲劇の始まりであった。あの頃のサッカーを取り戻すため、雷門イレブンが雷門サッカー部の監督となった円堂と共に立ち上がる…!
这是一个被巨人支配着的世界。成为巨人的食物的人类建造起了高达50米的巨大墙壁，以自由为代价去防止墙外的巨人的侵略。10岁的少年艾伦·耶格尔梦想着看到未知的墙外的世界。艾伦对那些满足于暂时的和平而放弃外出的人们感到格格不入。艾伦称他们为“家畜”。他们认为艾伦是“异物”。但是，由于能跨越墙壁的超大型巨人的出现，艾伦的“梦想”和人们的“和平”都瞬间土崩瓦解了。
在科技发达的未来，网络上流传着一种真假不明、被称为“全息幽灵”的奇怪现象。 初中一年级的天之河宙，启动了父亲留下的“数码暴龙机”开始能看到大家看不见的未知生物“数码宝贝”......
吉冈春（池胁千鹤 配音）是一个普普通通同时又有些迷糊的女高中生，某天放学的路上，她偶然救下了一只险些丧生车轮之下的小猫，谁曾想小猫竟然直立起来以人类的方式对女孩表示感谢。小春更想不到的是，她不经意的善举改变了自己的命运。原来小猫是猫王国的王子，为了报答小春的恩情，猫王国举国上下展开了令人啼笑皆非的报恩行动，只不过它们视为“上品”的老鼠令小春哭笑不得。不久后，小春接受王国的邀请前去做客，期间竟稀里糊涂答应成为王子的妃子。女孩眼看就彻底变成了一只猫，神秘的男爵（袴田吉彦 配音）成为她的救命稻草…… 本片亦被视为《侧耳倾听》的番外篇。
