前作の主人公・円堂守ら率いる日本代表選手「イナズマジャパン」がFFI世界大会で優勝した10年後、松風天馬はそんな円堂らイナズマイレブンに憧れ、雷門中学校に入学し、雷門サッカー部に入部。しかし、サッカーは腐敗し、あの頃の熱いサッカーはどこにもなかった。突然、渦巻く暗雲に巻き込まれていく天馬たち。それが悲劇の始まりであった。あの頃のサッカーを取り戻すため、雷門イレブンが雷門サッカー部の監督となった円堂と共に立ち上がる…!
某年夏天，六年级小学生裕太（武井证 配音）独自来到位于深山的萤之丘水库。当年他曾和父亲来到这里捉独角仙，一年前父亲意外去世，曾留下无数美好回忆的水库，对他来说自然别有一番意义。在此期间，他遭遇罕见的暴雨，结果不小心跌落水库。幸运的是裕太成功获救，在一个古色古香的小村庄里，他结识了可爱天真的小女孩纱荣子（木村彩由实 配音）。偶然间裕太发现，自己正身处昭和25年（1950），而这里正是后来沉入水库的小村庄。意外穿越时空三十年，对裕太来说究竟意味着什么呢？ 本片根据网络作家川口雅幸的同名原作改编。
金发碧眼的小女孩爱丽丝（Kathryn Beaumont 配音）天生爱幻想，枯燥且没有图画的书籍最令她烦恼。这一天，爱丽丝在野外看见一只穿衣戴帽、匆匆赶路的兔子。出于好奇，她跟着兔子钻进了一个树洞，继而掉落到一片未知的奇幻世界。在这里，爱丽丝的身形忽大忽小，还遇见了搞怪 的双胞胎兄弟弹弹丁和弹弹当、癫狂无比的疯帽匠（Ed Wynn 配音）和三月兔（Jerry Colonna 配音）、以及来无影去无踪的妙妙猫，由此引出了不少的笑话和奇遇。当然，最令爱丽丝感兴趣的还是那只慌里慌张赶路的兔子。在它的引领下，爱丽丝来到了红心皇后的城堡，更大的冒险等待着她…… 本片根据英国作家路易斯·卡罗的同名原著改编。
