前作の主人公・円堂守ら率いる日本代表選手「イナズマジャパン」がFFI世界大会で優勝した10年後、松風天馬はそんな円堂らイナズマイレブンに憧れ、雷門中学校に入学し、雷門サッカー部に入部。しかし、サッカーは腐敗し、あの頃の熱いサッカーはどこにもなかった。突然、渦巻く暗雲に巻き込まれていく天馬たち。それが悲劇の始まりであった。あの頃のサッカーを取り戻すため、雷門イレブンが雷門サッカー部の監督となった円堂と共に立ち上がる…!
整个宇宙分为域内宇宙和域外宇宙，两个宇宙彼此为敌，域外宇宙由天魔统治，域内宇宙分为神界，仙界，凡间。 在宇宙中，像天罚大陆这样的凡间位面，数不胜数，其统称为：九天星域。九天星域中，九大仙帝统领九重之中所有星域。九天之上，乃炼仙神域，仙人最终化神之路，必要通过炼仙神域，方能凝聚神格，成为神，到达神界。神界万族林立，各族之神极为强大。在遥远的过去，神界万族，被始源至尊、混沌至尊，还有鸿蒙至尊统领。三大至尊，三足鼎立，统管神界、九天仙界。 鸿蒙神界之主鸿蒙至尊，身份尊贵，属下众多，为神界最强之人，精通天下万术。彼
虽然贵为公主，但艾丽莎（劳拉·贝莉 Laura Bailey 配音）的个性实在是太过于活泼了，常常在宫里惹出各种各样的麻烦需要爸爸妈妈帮她善后。为了学习宫中的礼仪，艾丽莎被送到了女王处，严格又古板的女王令艾丽莎头痛不已，她一点都不想变成一个真正的翩翩优雅的公主，她真正想要当的其实是一名海盗！ 在罗杰斯勋爵的帮助下，艾丽莎拥有了属于她自己的船，一行人开始了他们在大海上的旅程，途中，众人来到了一座神秘的小岛上，在那里，艾丽莎结识了卢卡斯（尤里·洛文塔尔 Yuri Lowenthal 饰）。岛上生活着许多凶猛的野兽，艾丽莎决定帮助卢卡斯逃离这里。
有一个外号邋遢大王的小男孩，他特别邋遢，不讲卫生，信奉“不干不净，吃了没病”。这天，鼠王想征服人类、称霸世界，于是想找个人来当他的细菌武器的试验品。鼠国密探看中了邋遢大王，因为只有他会吃不干净的东西，于是，邋遢大王喝了被老鼠下了药的橘子水后，身子变成了和老鼠一样大小，被老鼠密探骗到了老鼠王国！来到老鼠王国后，邋遢大王真正感到后悔了，想回家却又无奈被关了起来。幸好邋遢大王认识的好友小猫小狗把鼠博士准备在他身上做实验的换掉了，邋遢大王才逃过一劫。邋遢大王最终能否逃出鼠国？
高中毕业之后，北原伊织（内田雄马 配音）顺利的进入了大学，即将展开崭新的大学生活。为了上学，北原来到了一座坐落在海边的城市里，和内陆城市完全不同的海洋气候使得北原对未来的生活充满了憧憬和希冀，同时也使他开始接触潜水这项有趣的运动。 个性活泼开朗略微有些强势的古手川千纱（安济知佳 配音）、温柔体贴实际上对妹妹千沙充满了强烈的占有欲的古手川奈华（内田真礼 配音）、时常顶撞北原但其实对哥哥充满了兴趣的傲娇少女北原栞，在这里，北原很快就结识到了一帮志同道合的好友们。加入了潜水部的北原，又会在这项运动中找到怎样的意义呢？
2016年开始活动的ARP是运用最先进的AR技术展开的可实时唱歌跳舞的偶像男团企划。TV动画将聚焦ARP所属的4名成员的学园生活以及至今为止的人生轨迹。井上和彦饰演ARP就读的音乐专业学校ISM的理事长，驹田航饰演SHINNI的同学松本晴臣，是一个存在感低的音乐情报万事通。
