前作の主人公・円堂守ら率いる日本代表選手「イナズマジャパン」がFFI世界大会で優勝した10年後、松風天馬はそんな円堂らイナズマイレブンに憧れ、雷門中学校に入学し、雷門サッカー部に入部。しかし、サッカーは腐敗し、あの頃の熱いサッカーはどこにもなかった。突然、渦巻く暗雲に巻き込まれていく天馬たち。それが悲劇の始まりであった。あの頃のサッカーを取り戻すため、雷門イレブンが雷門サッカー部の監督となった円堂と共に立ち上がる…!
个性活泼开朗有时候显得有些大大咧咧的水无月遥（田村由加莉 配音）、成熟稳重颇具大小姐风范的神无月葵（能登麻美子 配音）、从意大利转学而来的天才少女叶月胡桃（钉宫理惠 配音），活泼可爱的三人平日里在学校中是无话不谈的好友，过着平凡的校园生活，但每当夜晚来临，她们便会变身成为拥有超能力的魔法少女。 三人的目标，是寻找价值连城的天使像，邪恶而又贪婪的地下拍卖组织Black auction得到了它，企图通过它来牟取暴利。成绩优异的学生会长如月唯人（桧山修之 配音）、随叫随到的万能管家长月平之丞（清川元梦 配音），是他们在背后默默的支持着少女们。
本次故事舞台在自由、热情的海滨城市——新旧金山。搬到这里的无敌，遇到了一位自称DJ的男子。而DJ使无敌变身成为了名叫“无敌侠”的劲舞英雄。二人立志携手用歌声与舞蹈击退突然出现的怪物，守护整个城市。而这一切的背后，一场威胁整个人类的危机正暗流涌动……
嘿，兄弟！还记得那些网吧激情燃烧的岁月吗！那些吃着泡面占领A平台放包炸地图的日子！且看枪战世界的相逢与交锋，久违的组队与射击交战，是不是也让你想起当年风华正茂的青春岁月？ 兄弟！What are you waiting for。
