前作の主人公・円堂守ら率いる日本代表選手「イナズマジャパン」がFFI世界大会で優勝した10年後、松風天馬はそんな円堂らイナズマイレブンに憧れ、雷門中学校に入学し、雷門サッカー部に入部。しかし、サッカーは腐敗し、あの頃の熱いサッカーはどこにもなかった。突然、渦巻く暗雲に巻き込まれていく天馬たち。それが悲劇の始まりであった。あの頃のサッカーを取り戻すため、雷門イレブンが雷門サッカー部の監督となった円堂と共に立ち上がる…!
故事发生在公元1612年，宝嘉公主（艾琳·贝达 Irene Bedard 配音）跟随着英国外交官拉尔夫（比利·赞恩 Billy Zane 配音）远渡重洋来到英国伦敦面见国王和王后，共同商讨族人的命运和领土的未来，跟随着她的除了保镖乌塔外，还有古灵精怪的米可（约翰·卡西尔 John Kassir 配音）、帕西和福利特（弗兰克·维尔克 Frank Welker 配音）。 在伦敦，宝嘉公主意外的和贪婪邪恶的伯克利（大卫·奥根·斯提尔斯 David Ogden Stiers 配音）重逢了，后者再一次将触角伸向了印第安人的土地，想要借此大捞一笔。宝嘉公主识破了伯克利的阴谋，和其斗智斗勇。除此之外，宝嘉公主还遇见了阔别已久的约翰史密斯（Donal Gibson 配音）。
未来时代，地球上的植物全部枯萎。在此期间，天地公司研制了仿真植物，只不过投入市场后效果并不理想，令该公司老板昆总（李传缨 配音）和总监文静（杨梦露 配音）大伤脑筋。文静的女儿小雨（张安琪 配音）全心期盼和母亲共度生日，谁知却空等一夜。愤怒的小家伙前往天地公司寻找母亲，却阴差阳错被一束蓝色光芒集中。这道光来自天地公司研发的空间转移装置，它将小雨传到一个充满绿色植物和奇怪生物的美丽星球。在被怪兽追杀之际，她得到了蓝色皮肤的男孩布勒（李正翔 配音）的救助。原来布勒的孙博士（王肖兵 配音）12年前来到这里寻找智慧树种，以开发全新的仿真植物基因。 神秘未知世界，小雨即将经历一生最重要的冒险……
家人还是烦人？向来都是见仁见智。
53.满天都是小星星(上) 54.满天都是小星星(下) 55.儿童节的礼物 56.早餐吃什么? 57.超级妈妈好爸爸(上) 58.超级妈妈好爸爸(下) 59.朋友与宠物(上) 60.朋友与宠物(下) 61.没有电的日子 62.健康哥哥的周末 63.听爸爸讲故事(上) 64.听爸爸讲故事(下) 65.音乐是什么? 66.妈妈的吸引力 67.新同学老朋友 68.霸王龙在行动(上) 69.霸王龙在行动(下) 70.赚钱不容易(上) 71.赚钱不容易(下) 72.给牛爷爷一个惊喜 73.离家出走 74.鹦鹉学舌 75.帮妈妈打工 76.游戏的诱惑 77.欢乐国庆节(上) 78.欢乐国庆节(下)
将《奥特Q》直到《爱迪奥特曼》的怪兽与奥特曼的名战斗场面集然后再追加编集的剧场版作品，由奥特曼兄弟的老大·佐菲负责解说。本作有36只大怪兽登场。
