15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待,宣布将专攻当时最重要的神学。但是,从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。 有一天,他遇到了一位名叫休伯特的神秘学者。因为触犯了基于异端思想的禁忌而受到拷问,被关进监狱的休伯特。 他研究的是关于宇宙的冲击性的“某个假说”——。
作为动画3期的先行,以《摇曳百合:暑假时光+》为题的新作动画将分别于2015年8月和9月各放送1话,内容则是2014年11月上映的《摇曳百合:暑假时光》的后续