《东京食尸鬼第三季》混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。对“喰种”进行驱逐、研究的CCG，为了达成某个命题，而新设了实验体集团。 ——其名为“Quinx”。并非“正经人类”的他们，与佐佐木琲世一等搜查官一起在“东京”面对的事物究竟是——！？
故事发生在一颗名为阿莫伊的遥远行星上，在这里，所有的一切都被掌控在一台名为朱庇特的超级计算机手中。为了培育出更优秀的“孩子”，朱皮特直接操控基因，于是，一批金发白肤的“社会精英”们被创造出来成为了人类的管理者，他们虽然强悍，但各个冷酷无情。 生存的空间被尽数夺去，人类只能如同蝼蚁般的活在贫民窟之中，靠着武力和集结帮派争夺着为数不多的资源，里奇（伊藤健太郎 配音）就是其中的一员。一次偶然中，里奇遇见了名为伊亚索（大川透 配音）的男人，伊亚索完美的相貌和耀眼的金发向里奇昭示了两人阶级之间的巨大差距，可就是这样的两个绝对不可能在一起的人之间，竟然发展出了一段充满了纠葛的感情。
蜷川亚室（丰崎爱生 配音）自幼生活在海边，有着了不起的游泳技术，是一个个性活泼开朗的女生。今年，她就要转入著名的县立海商高等学校开始新的学习生活了，会有怎样的好运等待着她呢？一进入学校，亚室即选择了自己热爱的游泳部，没想到，有用不的经理人兼部长冲浦要（丰永利行 配音）居然是一个连水也不敢碰的旱鸭子。 在游泳部里，亚室认识了很多志同道合的好友：坚强好胜的织冢桃子（生天目仁美 配音），个头矮小长相幼齿的生田莳辉（清水爱 配音），表面清纯内心却十分好色的静冈魅玲（福井裕佳梨 配音）。在亚室的支持和鼓励下，冲浦要也渐渐的开始尝试从前十分恐惧的游泳运动。而他和亚室之间的关系，似乎并不是部长和部员这么简单。
阿波连玲奈是一个身材娇小，安静的女孩子，有点不太擅长把握与他人之间的距离。这让坐在隔壁座位的来堂同学，总觉得到有种距离感。 有一天，来堂同学捡起了阿波连同学掉在地上的橡皮，以此为契机两人之间的距离开始急速接近！！“时而太远”“时而太近”，阿波连同学难以预测。 迎来新学期后，这次连与转校生的距离也把握不好了！？ 在各种意义上“测不准”的紧贴系？青春爱情喜剧的大幕再次拉开！
