《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
个性活泼开朗有时候显得有些大大咧咧的水无月遥（田村由加莉 配音）、成熟稳重颇具大小姐风范的神无月葵（能登麻美子 配音）、从意大利转学而来的天才少女叶月胡桃（钉宫理惠 配音），活泼可爱的三人平日里在学校中是无话不谈的好友，过着平凡的校园生活，但每当夜晚来临，她们便会变身成为拥有超能力的魔法少女。 三人的目标，是寻找价值连城的天使像，邪恶而又贪婪的地下拍卖组织Black auction得到了它，企图通过它来牟取暴利。成绩优异的学生会长如月唯人（桧山修之 配音）、随叫随到的万能管家长月平之丞（清川元梦 配音），是他们在背后默默的支持着少女们。
突如其来的科技文明，让战争迷雾笼罩着九州大陆全境，魔法与科技的奇妙组合成为君王心中统御天下的王道。然而，从太古时期便销声匿迹的古老神符，它们诡秘的力量在历史尘埃的阴暗面里，悄无声息的操控着整个大陆的命运
小春野白绢、凤薇薇安、诸星つぽみ虽然年龄不大，却拥有神奇的变身能力，可以变身为普通人20倍大的巨大战士，为保护东京与疯狂的怪兽们展开战斗。她们每次变身的时间只有3分钟，但就是在这短短的３分钟内，她们往往可以轻易的击败对手，及时制止罪案的发生……
